Após uma série de efeitos cataclísmicos, o planeta Terra é agora dominado por uma corporação massiva superpoderosa conhecida como LIMBO Corporation. O propósito desta corporação é avançar suas tecnologias de maneira audaciosa, não demonstrando respeito pelos seres humanos.

Essa perseguição pela tecnologia mais avançada levou a LIMBO a manter o controle sobre o que restou da raça humana através de progresso de um exército de soldados superpoderosos, alguns possuindo habilidades de telecinese, chamada pela corporação de Poderes PSI.

Em CellFactor: Revolution você lutará dos dois lados da guerra, entre a LIMBO Corporation e a resistência dos humanos, conhecida por GUARD. Os membros do GUARD roubaram alguma tecnologia dos inimigos para criar seus próprios soldados.

O jogo apresenta diversos cenários pelos quais o jogador deverá enfrentar os soldados inimigos de frente, com cada cenário apresentando suas dificuldades e oportunidades distintas de ataques inesperados.